Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)试剂盒

如要对基因组学和转录组学数据进行可靠比较，则需从同一样本中纯化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法，从福尔马林固定、石蜡包埋的组织样本中纯化DNA和RNA。纯化产物适用于real-time PCR和焦磷酸测序等应用。

从FFPE样本中纯化DNA和RNA。

[A] 从多个大鼠FFPE组织样本中纯化基因组DNA并储存于室温。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（专用于从FFPE样本中纯化DNA的试剂盒，作为对照）进行纯化，两种试剂盒都含有RNase消化试剂。采用吸光度测定方法检测每个20 μm组织切片的DNA产量。[B] 从多个大鼠FFPE组织样本中纯化RNA并储存于室温。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或RNeasy FFPE Tissue Kit（专用于从FFPE样本中纯化DNA的试剂盒，作为对照）进行纯化。采用吸光度测定方法检测每个10 μm组织切片的RNA产量。从FFPE组织中纯化DNA或RNA时，AllPrep Kit的表现与专用的纯化试剂盒表现相当。

对预扩增的cDNA进行芯片分析。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit从人类乳腺FFPE组织中纯化总RNA。然后使用RT2 FFPE PreAMP技术进行逆转录。使用Human Cell Cycle RT2 Profiler PCR Array，通过real-time PCR进行基因表达分析，将肿瘤样本与非肿瘤样本进行对比。ΔΔCT分析显示：肿瘤样本中的基因表达与非肿瘤样本的基因表达存在x倍的差异。

对FFPE样本中的DNA和RNA进行可靠扩增。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或专用于从FFPE样本中纯化DNA或RNA的试剂盒（QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 或RNeasy FFPE Kit，作为对照）从大鼠FFPE组织中纯化获得[A] DNA 和[B]、[C] RNA。在ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System上，使用[A] QuantiTect SYBR® Green PCR Kit对78 bp的Prnp基因扩增子进行Real-time PCR分析，或是用[B]、[C] QuantiTect SYBR® Green RT-PCR Kit对Jun原癌基因表达进行real-time RT-PCR分析。AllPrep Kit和另外两个专用试剂盒的CT值相当，表明三种试剂盒纯化DNA或RNA的效率相当。[C] 此外，在没有逆转录酶（–RT）的条件下分析了Jun基因的表达。脾脏是富含DNA的组织，其扩增曲线平坦，说明纯化的RNA中不含基因组DNA。

AllPrep DNARNA FFPE样本纯化步骤。

Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)试剂盒

性能使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit纯化的DNA和RNA的质量与使用QIAamp FFPE Tissue Kit和RNeasy FFPE Kit/miRNeasy FFPE Kit纯化的产物的质量相当。因此，纯化产物可用于焦磷酸测序、real-time PCR和RT-PCR等下游应用。原理

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit专为从FFPE样本中同时纯化基因组DNA和总RNA而设计。该试剂盒可使用同一样本纯化DNA和RNA，而非像其他纯化方法那样，需将样本分为两份再分别进行纯化操作。如将样本分为两份分别纯化DNA和RNA，其纯化出的DNA和RNA来自不同的细胞群落，可能具有不同性质特征。从同一样本中同时纯化DNA和RNA可减少浪费，因为FFPE样本是十分珍贵的样本，通常很难恢复且样本量少。

由于固定和包埋，FFPE样本中的核酸通常都严重片段化，核酸的分子量通常小于从新鲜或冷冻样本中分离出的核酸的分子量。从同一FFPE样本中分离DNA和RNA面临着很大困难：片段化的DNA长度短，且部分是单链结构；因此其更像RNA，而非完整的DNA。片段化DNA这一特性使得用物理方法分离DNA和RNA十分困难。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法，从同一个FFPE样本中分别释放DNA和RNA。

尽管标准的质量控制分析（如凝胶电泳或芯片分析方法）无法检测到甲醛的化学修饰，但其对酶分析有严重干扰。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化，可zui大程度上逆转甲醛化学修饰，而不引起DNA和RNA的进一步降解。

操作流程简单的流程可从同一个样本中纯化高品质DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法，从同一个FFPE样本中分别释放DNA和RNA。使用这种方法时，FFPE样本要在优化的裂解缓冲液中孵育，使得RNA释放出来，而DNA形成沉淀。离心后，将含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分别处理，纯化RNA和DNA。再次进行孵育有一定的解交联作用，然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute离心柱纯化RNA和DNA。用柱上DNA酶处理纯化的RNA，以有效去除DNA污染。根据RNA与离心柱的结合情况，纯化的RNA中可能含有也可能不含miRNA等小RNAs。对于纯化后的DNA，可选择性进行柱上RNA酶消化，因为在离心前的DNA和RNA分离步骤中RNA污染水平已达到zui低。应用

尽管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化，可zui大程度上逆转福尔马林化学修饰，而不引起DNA和RNA的进一步降解；但从FFPE样本中纯化获得的核酸不应该用于需要大分子量DNA或完整长度RNA的下游应用。一些应用可能需要进行化学修饰后，再使用片段化核酸（如：设计PCR和RT-PCR的小扩增子）。在cDNA合成中，应使用基因特异性引物，而非oligo-dT引物。如果无法使用基因特异性引物，则可使用任意引物。

特点	参数
Applications	PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray
Elution volume	RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl
Format	Spin column
Main sample type	FFPE tissue samples
Number of preps per run	50
Processing	Manual (centrifugation)
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein	RNA (miRNA) and DNA
Sample amount	max. 4*10 µm sections or 2*20 µm sections
Technology	Silica technology
Time per run or per prep	6h for 10 samples, including sectioning
Yield	Varies