主要功能用途StepOne Plus系列实时荧光定量PCR仪是Applied Biosystems第一款采用触摸屏操作控制、引入VeriFlex温度梯度控制模块的qPCR平台。可实现在同一次实验中分别设置6组不同引物退火温度以确立最佳扩增条件，升温速度快可支持快速PCR反应（StepOne不适用）。采用4组荧光检测通道（StepOne为3通道），可实现多重荧光定量分析检测。主要应用包括：1、基因表达分析动植物和微生物在生理病理、环境及外来胁迫下相关基因表达的变化分析以及SiRNA诱导基因沉默和基因敲除后特定基因表达水平的检测。2、miRNA表达水平的检测基于miRNA与特定靶基因mRNA表达水平变化间的关联，研究miRNA 调控基因表达机制。3、基因分型（SNP genotyping，Genotyping）利用TaqMan探针、饱和DNA染料HRM曲线分析进行基因分型，得出等位基因频率、基因型占总基因型比率等。可应用于如遗传病诊断，SNP基因分型，药物代谢酶DME基因分型，法医遗传学鉴定等。4、拷贝数变异(CNV)拷贝数变异(Copy number variation, CNV)是指因基因组发生重排而导致长度1KB以上的基因片段的缺失（减少）、插入、重复（增加）、重排、倒 位、DNA 拷贝数目变化，也称为拷贝数多态性(copy number polymorphisms, CNPs）。是造成物种个体差异和人类许多疾病（如癌症、遗传性疾病、心血管疾病）的一种重要遗传基础。荧光实时定量PCR检测初始样品的某个DNA 片段的拷贝数进行定量，用已知拷贝数为2的DNA内参校正而实现对目DNA 片段拷贝数的确认。5、高分辨率溶解曲线分析（High resolution melt， HRM）DNA序列长度、GC 含量及碱基互补性差异影响DNA双链结构的热稳定性。高分辨熔解曲线(high-resolution melt，HRM) 分析是通过实时监测升温过程中与双链DNA特异性结合的荧光染料释放的绿色荧光强度的变化，了解PCR 产物中DNA分子的解链温度情况，分析样品特定基因片段DNA组成变化。实时荧光定量PCR实验运行程序中引入溶解曲线分析环节后，可借助于专用HRM分析模块完成HRM分析。HRM用于突变扫描和基因分型，不受突变碱基位点和种类限制，既可对未知突变进行筛查、扫描，又能对已知突变进行分析，还可用于STR分析。6、病原体检测（Pathogen detection）实时荧光定量PCR仪能可靠用于临床医学人体上呼吸道的感染、肺炎、消化道感染、中枢神经系统等疾病，以及畜牧业、农作物病虫害的病原体的检测确认、感染严重程度的量化评估。7、蛋白热稳定性分析（Protein thermal shift）利用实时定量PCR仪来分析热稳定性，进行配体-蛋白结合的高通量筛选，突变或修饰对蛋白热稳定性的影响使用蛋白结合染料（如Protein Thermal Shift 染料），实时定量PCR系统上运行实时熔解实验，根据因蛋白熔解导致荧光图像差异，分析配体与蛋白的结合稳定性。可用于以高通量筛选配体与蛋白的结合， 筛选能与蛋白靶点结合的小分子和片段文库候选药物、抗体，鉴定最佳缓冲液条件以改善蛋白的纯化和分离等。8、食品安全和GMO(genetically modified organism)检测实时荧光定量PCR技术用于食品的微生物污染监测、肉食类食品食材来源和组成的检验、如转基因动植物基因的检测等。9、耐药基因检测等

性能特点StepOne Plus实时荧光定量PCR仪具有直观简便的操作界面和的实验设置向导，既可以通过彩色触摸屏操作，也可与PC联机采用StepOne Software进行实验操作和数据分析处理。精确温控反应模块及先进光学检测单元，支持广泛的研究和检测应用。1、功能强大、操作简便的StepOne软件PCR实验步骤实验设计向导，引导用户执行实验的各个步骤，包括样本和反应设置、热循环和荧光检测等。高级设置适用于进行更复杂应用(如多重反应)的高级用户；实时监视扩增增长曲线，即时查看实验进程；还可通过一台远程计算机实时查看扩增实验进程，并在运行完成时通过电子邮件提醒通知；自动基线和白动阈值功能令数据分析得以简化；自动单核苷酸多态性基因分型识别功能，具有直观的图表输出和量值分配特性；当查看扩增曲线或单核苷酸多态性基因分型图谱时，易于识别样本反应孔；StepOne软件支持包括标准曲线绝对定量、比较Ct(ΔΔCt)相对定量、等位基因鉴别（SNP Genotyping)、阳性/阴性等多种分析方法；StepOne Software软件集成高分辨率熔解曲线(High Resolution Melt/HRM)应用模块。HRM 软件改进聚类算法，提高了灵敏度和准确性，并能够对单个板上运行的多个检测进行单独分析。还可选择符合MIQE 标准的实时荧光定量PCR数据标记语言(RDML)格式输出实验数据

2、VeriFlex 梯度控温技术StepOne Plus的96孔反应模块采用Veriflex梯度温控技术，具有六个独立的温度区，可实现精准的温度控制和优化。

3、多重实时定量分析功能具有最多可支持4个靶标的多重实时荧光定量检测功能。