品牌: psi-bioscience 公司: 上海普赛生物科技有限公司

服务名称： DNA-蛋白质互作定量筛选分析服务 提供商： 上海普赛生物科技有限公司

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简介：基因的差异表达是基因（DNA）与转录因子（蛋白质）在时间、空间上相互作用的结果体现。解析基因调控原件（转录因子结合位点、DNA甲基化等）与转录因子在时间、空间上的差异，是理解肿瘤发生、药物应答、免疫调控、个体发育等众多病理、生理机制的重要内容。转录因子与DNA的互作通常是依赖于特定的DNA序列或者修饰（如碱基甲基化等），因此可以用这些特定的DNA的特定序列或者发生修饰的序列，借助pull-down技术捕获与其互作的转录因子，并利用质谱（MS）进行鉴定和筛选与DNA调控序列互作的、新的转录因子，进而最终解析基因表达调控的分子机理。然而由于转录因子往往都是低丰度的，此外，在pull-down过程，非特性粘附是不可避免的，最终很有可能对照组和目标组的pull-down产物在SDS-PAGE胶上是看不出差异的（图B）。当然SDS-PAGE只是一维分离，条带没有差异，并不代表着蛋白质就没有差异。因为没有差异，一方面做质谱检测的信心就会大打折扣；另一方面，即使做了质谱，如何区分特异性和非特异性是一个更困难的问题。如果将SILAC（Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture）技术将DNA pull-down，利用SILAC的质谱标签，通过质谱定量，就能实现相对定量，真正快速的从众多非特异性背景蛋白中将特异性的转录因子筛选出来（图C-D）。​​​​​​​Genome research2009, 19(2):284-293.图注：A. 包含转录因子TFAP2结合位点的bait DNA序列，AP2-WT和AP3-MT分别是指野生型和突变型。B. AP2-WT和AP2-MT的DNA pull-down产物SDS-PAGE分离。可见，二者没有明显的差异条带。D.将SIIAC技术和DNA pull-down结合，PURB、TFAP2A、TFAP2C和PURA等蛋白被筛选为AP2-WT的特异性结合蛋白。C.pull-down结合western blot验证了PURA和TFAP2A是AP-WT DNA的特异性结合蛋白。服务方式：基于我司在SILAC和DNA pull-down技术上的积累，能为您提供：

整体服务。包括：（1）bait-DNA序列的设计、合成及biotin标记。（2）细胞SILAC标记、培养及蛋白质提取。（3）DNA pull-down。（4）pull-down样品LC-MS测试分析。（5）MS鉴定数据定性/定量分析，筛选特异性结合蛋白。（6）pull-down结合western blot验证潜在互作。灵活协议。双方相互协商，各自承担部分实验内容。

参考文献：Mittler G, Butter F, Mann M:A SILAC-based DNA protein interaction screen that identifies candidate binding proteins to functional DNA elements. Genome research 2009,19(2):284-293.Wierer M, Mann M:Proteomics to study DNA-bound and chromatin-associated gene regulatory complexes. Human molecular genetics 2016,25(R2):R106-R114.​​​​​​更多服务/产品信息：请访问：www.psi-bioscience.com（点我直达）